古代
早在史前時期，人類就開始積累治療疾病的經(jīng)驗，形成了臨床醫(yī)學的雛形。
古代中國在漫長的歷史中形成了獨特的傳統(tǒng)醫(yī)學臨床體系，詳見中醫(yī)學。
古埃及的埃伯斯紙草書文中記載了205種疾病，介紹了外科學的膿腫切開、淺表腫塊切除、包皮環(huán)切等手術(shù)，內(nèi)科學的發(fā)汗、吐、泄、利尿、灌腸等療法。木乃伊的制作也涉及到高超的外科學知識。古印度的阿輸吠陀中記載了相當多的藥物和治療經(jīng)驗，首次將醫(yī)學分為8科，《阇羅加集》和《妙聞集》分別是阿輸吠陀醫(yī)學的內(nèi)科學和外科學名著。古希臘《希波克拉底文集》中記載了外科學關(guān)于骨折、脫臼、頭部損傷的治療方法。古羅馬的蓋倫在藥物治療方面也有成就。
在古代，基礎(chǔ)醫(yī)學與臨床醫(yī)學的分野并不明確，受客觀條件的限制，大多以經(jīng)驗積累為主，缺乏科學、系統(tǒng)的整理。

近代
16世紀文藝復興時期，醫(yī)學陳規(guī)被打破，產(chǎn)生了人體解剖學。17世紀，生理學建立。18世紀，病理解剖學建立。19世紀，細胞學、細菌學獲得長足發(fā)展。基礎(chǔ)醫(yī)學和臨床醫(yī)學逐漸成為兩個獨立學科，數(shù)學、生物學、物理學、化學等方面的巨大進步為現(xiàn)代臨床醫(yī)學的產(chǎn)生奠定了堅實基礎(chǔ)。
17世紀的醫(yī)生西登哈姆（Sydenham T。,1624-1689）提出：“與醫(yī)生最有直接關(guān)系的既非解剖學之實習，也非生理學之實驗，乃是被疾病所苦之患者，故醫(yī)生的任務(wù)首先要正確探明痛苦之本質(zhì)，也就是應多觀察患者的情況，然后再研究解剖、生理等知識，以導出疾病之解釋和療法?！蔽鞯枪返暮粲醌@得了人們的支持，醫(yī)生開始回到病人身邊，從事臨床觀察和研究。西登哈姆也被稱為“臨床醫(yī)學之父”。
18世紀，臨床教學興起。萊頓大學在醫(yī)院設(shè)立了臨床教學專用病床。臨床醫(yī)學家布爾哈夫（Boerhave H。,1668-1738）充分利用教學病床展開床邊教學，開創(chuàng)了臨床病理討論會（CPC）的先河。
這一時期逐漸形成了生物醫(yī)學模式。這一模式將健康看作宿主、環(huán)境和病因三者的平衡。每一種疾病都能從器官、細胞、生物大分子上找到可測量的形態(tài)和（或）化學變化，確定生物的和（或）物理的病因，從而進行治療。

現(xiàn)代
在第三次科技革命的影響下，20世紀醫(yī)學先后發(fā)生了三次革命，產(chǎn)生了現(xiàn)代臨床醫(yī)學。
第一次革命發(fā)生在三十年代到五十年代，標志為磺胺類藥物的發(fā)現(xiàn)、抗生素的發(fā)現(xiàn)和青霉素的大規(guī)模生產(chǎn)。
第二次革命發(fā)生在七十年代，標志為電子計算機X線斷層掃描機（CT）和磁共振檢查（MRI）的發(fā)明與應用。
第三次革命發(fā)生在七十年代后期，標志為利用遺傳工程生產(chǎn)生物制品（如生長抑素、胰島素、生長激素、干擾素、乙肝疫苗）。
伴隨著藥物學、治療學、分子生物學、免疫學、醫(yī)學遺傳學、器官移植技術(shù)、傳染病學、醫(yī)學影像學等學科的發(fā)展，生物醫(yī)學模式在七十年代逐漸過渡到生物-心理-社會醫(yī)學模式，從生物學、心理和社會三個因素綜合的看待健康與疾病，從多個方面實施綜合治療。
現(xiàn)代臨床醫(yī)學已經(jīng)形成了分科專業(yè)化、發(fā)展國際化、技術(shù)現(xiàn)代化、學科相互滲透交叉等鮮明特點，與社會醫(yī)學、全科醫(yī)學的關(guān)系日益緊密，成為人類與疾病抗爭的最重要武器。